Tháng 7 năm 1864, Shōzan, theo sau là một vài tùy tùng, đang cưỡi ngựa trên đường đến Kyoto. Con ngựa của Shōzan được gắn một chiếc yên châu Âu, và cầm trong tay một bản sao chiếu chỉ của triều đình về việc mở cửa các hải cảng của đất nước cho thương nhân nước ngoài. Ông đang thực hiện nhiệm vụ gặp gỡ một công khanh để giải thích ý tưởng của mình và xin phép Thiên hoàng Kōmei công bố việc mở cửa hợp pháp các hải cảng cho người nước ngoài vào buôn bán. Ông không thể gặp vị công khanh trong triều và quyết định trở về sau chuyến thăm thất bại này.

Ngày 12 tháng 8 năm 1864, khi ông đặt chân đến quận Sanyo-kiya-cho, đám tùy tùng bị bỏ lại phía sau khá xa, đã không nhận ra rằng hai kẻ bí ẩn đang đi bộ theo sát chủ nhân mình. Ngay sau đó Shōzan bị một nhóm nhỏ võ sĩ từ các phiên Higo và Oki tập kích giữa ban ngày ban mặt. Shōzan ngã khỏi ngựa và chảy rất nhiều máu sau cuộc tấn công, với những tên võ sĩ quá khích rút kiếm đang tiến lại gần chỗ ông nằm. Shōzan bị một hitokiri trong bọn tên Kawakami Gensai giết bằng một nhát kiếm chí mạng. Sau cái chết của Shōzan, đám võ sĩ ngay lập tức bỏ trốn khỏi hiện trường trước khi tùy tùng của ông kịp đến nơi. Họ phát hiện thi thể Shōzan nằm bất động, máu me đầm đìa với 13 vết thương do đám võ sĩ gây ra.[3]

Ngay sau khi vụ việc xảy ra, tại Tenryu-ji, Kyoto, Kawakami Gensai kể với những kẻ đồng mưu rằng, "Đây là lần đầu tiên tôi thực sự cảm thấy mình đã giết một ai đó; tóc trên đầu tôi dựng đứng vì ông ta là người vĩ đại nhất mọi thời đại."

Vào ngày sau cái chết của Shōzan, một tấm biển được đặt ở cổng chính của đền Gion giải thích lý do giết người:

Shōzan ủng hộ Tây học và vận động mở cửa các hải cảng cho việc giao thương. Đây là điều chính yếu không thể bỏ qua được. Hơn nữa, trong âm mưu với phiên Aizu và Hikone hèn hạ, hắn ta đã dám giao Thiên hoàng cho phiên Hikone. Vì hắn ta là một kẻ phản bội xấu xa và ghê tởm, chúng tôi đã giáng đòn trừng phạt dành cho hắn.

— phe Tôn vương Nhương di